Perbedaan persepsi, interpretasi dan ekspresi keagamaan merupakan sesuatu yang wajar dan menjadi salah satu dinamika dalam masyarakat. Namun, dalam realitasnya, acapkali perbedaan tersebut banyak menimbulkan permasalahan dalam kehidupan sosial keagamaan akibat beragamnya penerimaan yang dilakukan oleh kelompok dominan tertentu. Upaya untuk memperkuat  perbedaan menjadi sesuatu yang wajar menjadi sangat penting. Oleh karena itu, Puslitbang Kehidupan Keagamaan  pada tahun 2012 melakukan upaya untuk memberikan jawaban atas persoalan-persoalan yang dianggap meresahkan  masyarakat melalui kegiatan untuk menangani kasus aliran, paham dan gerakan keagamaan di Indonesia tersebut dalam bentuk Semiloka penyempurnaan Buku Pola Penanganan  Aliran, Paham dan Gerakan Keagamaan di Indonesia sebagai penyempurna yang telah dilakukan sebelumnya di tahun 2011. 

Semiloka di tahun 2012 ini merupakan rangkaian kegiatan tray out dan sosialisasi buku Pola Penanganan Aliran Paham dan Gerakan Keagamaaan di Indonesia yang diselenggarakan di Makassar, Semarang dan Bandung. Sedangkan komposisi narasumber terdiri dari  pejabat di lingkungan Kementerian Agama, para pakar dan akademisi, dan peserta  di masing-masing wilayah berjumlah 35 orang, terdiri dari para penyuluh agama tiga puluh tiga orang dan dua orang peneliti bidang aliran keagamaan.

Try out dan sosialisasi  di tiga wilayah tersebut, diperoleh masukan untuk perbaikan buku panduan sebagai berikut :
a. Menambahkan ke dalam buku panduan, contoh kasus beberapa aliran, paham dan gerakan keagamaan yang bermasalah  yang terdapat di beberapa wilayah.
b. Menentukan bentuk penanganan terhadap aliran, paham dan gerakan keagamaan bermasalah sesuai dengan metode penanganan tertentu yang sejalan dengan kebutuhan di wilayah kerja masing-masing.

Sedangkan hasil yang telah dicapai dari kegiatan Semiloka tersebut adalah penyempurnaan naskah Buku Panduan Penanganan Aliran dan Gerakan Keagamaan Bermasalah di Indonesia dengan cakupan materi: (i). Kebijakan Kementerian Agama dalam Menangani Aliran dan Gerakan Keagamaan Bermasalah, (ii). Mengenali berbagai Bentuk Aliran dan Gerakan Keagamaan di Indonesia, (iii). Teknik Identifikasi Aliran dan Gerakan Keagamaan di Indonesia, (iv). Bentuk dan Penanganan Aliran dan Gerakan Keagamaan Bermasalah, (v). Manajemen Penanganan   (vi). Pemutaram Film Aliran Bermasalah (Film Salamullah, NII KW IX dan Ahmadiyah), (vii). Simulasi Penanganan Aliran, (viii). Tugas Kelompok, (ix). Ice Breaking dan (x) Rencana Tindak Lanjut.

Rekomendasi yang diperoleh dari Semiloka dan seluruh rangkaian kegiatannya adalah:
1. Upaya-upaya penanganan terhadap korban aliran, dan gerakan keagamaan bermasalah harus dilakukan dengan kerja sama fungsional antar instansi (Kementerian Agama, Kementerian Sosial, Kementerian Pendidikan Nasional,  Kementerian Dalam Negeri, Kementerian Tenagan Kerja dan Transmigrasi, Kepolisian dan Kejaksaan). Tahap operasionalnya dilakukan dengan membentuk tim Penanganan dan Pembinaan oleh  Kementerian Agama RI yang melibatkan Penyuluh Agama dan Tim Ahli, serta  Tokoh Masyarakat, Tokoh Agama dan Ormas Keagamaan.
2. Penyiapan sarana dan prasarana serta anggaran yang  dibebankan pada APBN Kementerian Agama (Ditjen Bimas Islam) dan APBD masing-masing Pemerintah Daerah.
3. Perlu penyesuaian tupoksi penyuluh dan KUA agar dapat terlibat dalam penanganan aliran dan gerakan keagamaan bermasalah.
4. Pada akhir tahun 2013, apabila Buku Panduan  sudah dinyatakan final oleh Puslitbang Kehidupan Keagamaan dan Badan Litbang dan Diklat  perlu diajukan kepada Menteri Agama agar menjadi Keputusan Menteri Agama RI sebagai Standard Operating Procedure (SOP) Penanganan Aliran dan Gerakan Keagamaan Bermasalah di Indonesia bagi seluruh aparatur Kementerian Agama RI dari pusat sampai daerah.