Diskusi yang berlangsung dalam suasana akrab ini, hasil-hasil penelitian tiga LSM tersebut kemudian dibahas oleh tiga peneliti utama dari Puslitbang Kehidupan Keagamaan yaitu Drs. H. Ahmad Syafi’I Mufid, MA yang menjadi pembahas penelitian yang dilakukan oleh The Wahid Institute, Drs. H. Nuhrison M. Nuh, MA membahas penelitian dari CRCS UGM dan Drs. H.M. Yusuf Asry, M.Si sebagai pembahas penelitian dari SETARA Institute. Berdasarkan laporan penelitian tiga LSM muncul beberapa informasi penting antara lain, walaupun secara kuantitas konflik tentang agama menurun, namun masih terdapat pelanggaran kebebasan beragama yang terjadi selama ini, meliputi isu-isu dominan pelarangan pendirian rumah ibadah, penyesatan keyakinan/aliran keagamaan serta masih terjadinya pengerusakan tempat ibadah oleh sekelompok umat agama tertentu. Selain itu, dalam hal pengumpulan data, dengan segala keterbatasannya, pihak LSM mengakui masih terfokus pada pemberitaan yang ada di media massa (koran) sehingga dirasakan masih kurang objektif, dalam hal yang sama para peneliti di Puslitbang Kehidupan Keagamaan berusaha tetap melakukan penelitian secara komprehensif dengan terjun langsung ke lapangan untuk pengumpulan data dan verifikasi.  

Walaupun dalam diskusi ini terdapat beberapa perbedaan pandangan antara Pemerintah dan LSM  mengenai kasus-kasus keagamaan yang mengemuka di tengah-tengah masyarakat, hal ini bukanlah menjadi permasalahan melainkan menjadi bahan pertimbangan selanjutnya bagi kedua belah pihak untuk merumuskan rekomendasi solusi permasalahan yang ada. Di sisi lain, pemerintah telah berusaha dengan optimal untuk mengakomodir aspirasi berkeyakinan masyarakat. Dalam kasus-kasus yang menyangkut ajaran-ajaran agama, pemerintah tidak dapat melakukan intervensi. Sebaliknya, pemerintah akan ”turun tangan” jika terjadi gangguan keamanan dan ketenteraman masyarakat sebagai akibat penyimpangan, dan atau penodaan agama, sebagaimana yang dimaksud dalam UU No. 1 PNPS Tahun 1965.

  Diharapkan dengan diskusi laporan tahunan kehidupan keagamaan ini dapat tercapai kesepahaman pandangan mengenai permasalahan keagamaan di Indonesia guna menciptakan iklim kondusif masyarakat untuk menjamin, memenuhi dan melindungi kebebasan beragama dan berkeyakinan.