Dalam diskusi tersebut, diungkapkan bahwa permasalahan yang kerap timbul di masyarakat terutama terkait masalah pembangunan rumah ibadah yang dapat memicu ketidakharmonisan antar umat beragama.

Hal senada dikatakan Wakil Ketua Badan Kerjasama Antar Gereja Kota Batam, Rev'd Augustinus Wolkh Wagunu bahwa masih banyak permasalahan lain yang lebih penting terutama mengurus umat daripada masalah rumah ibadah.

"Kita sibuk mengurus rumah ibadah tapi kita lupa mengurus umat. Masih banyak pekerjaan rumah yang diurus selain rumah ibadah," katanya.

Permasalahan lain yang terungkap dalam kerukunan umat beragama di Batam juga mengenai aturan penyiaran agama dimana saat ibadah suatu agama karena suara yang terlalu keras dianggap mengganggu pemeluk agama lain.

Perkawinan antar agama juga sering terjadi di Batam. Sebagai kota jasa dengan penduduk yang heterogen, akhirnya berimplikasi pada permasalahan lain.

Perwakilan Majelis Ulama Indonesia (MUI) pusat, Slamet Effendi Yusuf juga mengajak agar adanya itikad baik dari satu agama terhadap agama lain jika terjadi penodaan agama.

"Sebaiknya ketika ada permasalahan agama, pemimpin agama lain harus ada itikad baik untuk memberikan dukungan. Kita jangan hanya selalu mempermasalahkan hal-hal seperti rumah ibadah saja," tambahnya.