Isu kebebasan beragama memang kerapkali lantang diteriakkan oleh sebagian kalangan masyarakat manakala Pemerintah menerbitkan undang-undang atau peraturan lainnya yang dinilai berhadapan dengan kepentingan mereka. PBM yang salahsatunya mengatur perihal pendirian rumah ibadat pun sempat mengalami penolakan. Dengan alasan pembatasan beribadah, intervensi Pemerintah dalam hal agama, dan alasan lainnya. Mereka menolak peraturan sebagai pengganti SKB No.1 Tahun 1969 tersebut. Namun, setelah dijelaskan bahwa PBM merupakan kesepakatan para pemuka agama dalam mengatur warga negara yang ingin mendirikan rumah ibadat, bukan mengatur hal ibadatnya, mereka pun menerimanya. Hingga 3 tahun PBM pada Maret 2009 ini, tidak ditemukan lagi nada penolakan atas PBM, selain upaya memahami dan mengimplementasikannya.

Dijelaskan Menteri Agama, bahwa PBM itu sendiri memiliki prinsip yang tidak melanggar kebebasan beragama yang dijamin oleh UUD 1945 itu. Dalam hal pendirian rumah ibadat, misalnya, PBM tidak melanggar jaminan kebebasan beragama, karena yang diatur dalam PBM ini hanya­lah pengadministrasian untuk mengetahui siapa yang hendak menggunakan suatu rumah ibadat yang hendak dibangun. Dalam hal adanya 90 calon pengguna yang dipersyaratkan, apabila tidak dapat dipenuhi pada tingkat desa, maka penghi­tungannya dapat dilakukan pada tingkat kecamatan, kabu­paten/kota, atau provinsi, sehingga pada hakikatnya tidak ada pembatasan pembangunan rumah ibadat.

PBM diyakini sangat dibutuhkan oleh bangsa Indonesia untuk mendukung kerukunan umat beragama, setidaknya PBM telah berkontribusi atas terpeliharanya kerukunan umat beragama di Indonesia yang kian baik ini. Kondisi kerukunan umat beragama itu sendiri adalah modal yang amat berharga bagi kelangsungan kehidupan sebagai bangsa.

Dalam konteks aktual menjelang Pemilu 2009, Menteri Agama pun memberikan arahannya agar pilihan politik setiap warga negara yang bersifat pribadi itu tidak  mengganggu kerukunan umat beragama. Dikatakannya,”pilihan politik adalah pilihan pribadi dan tidak boleh mengor­bankan kepentingan masya­rakat yang membutuhkan ketentraman, ketenangan dan persaudaraan. Kepentingan membela partai adalah kepentingan golongan atau kelompok, tetapi jangan sampai merusak sendi-sendi persatuan bangsa dan keutuhan tanah air Republik Indonesia.”

Kerukunan umat beragama di Indonesia saat ini mungkin saja masih dirasakan belum sempurna. Namun, dikatakan Menteri Agama, ternyata kerukunan umat beragama di Indonesia dianggap sebagai yang terbaik dalam pengamatan masyarakat internasional. Bahkan Indonesia dinilai sebagai laboratorium kerukunan umat beragama. Menteri Agama mengutip penilaian yang disampaikan Menlu Italia, H.E. Franco Frattini, dan pendiri Komunitas Sant’ Egidio, Dr. Andrea Riccardi, dalam pidato pembukaan seminar internasional bertema “Unity in Diversity: the Indonesian Model for a Society in which to Live Together”, pada tanggal 4 Maret 2009 yang lalu, di Roma. Namun, ditegaskan Menteri Agama, “...atas pujian-pujian itu kita harus tetap waspada dan mawas diri karena kerukunan adalah sesuatu yang sangat dinamis dan dapat cepat berubah. Karena itu, kerukunan umat beragama harus selalu kita jaga dan pelihara.”