Peraturan Bersama Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri (PBM) No. 9 dan 8 Tahun 2006, secara efektif mulai berlaku sejak ditanda-tangani pada tanggal 21 Maret 2006. PBM ini adalah Pedoman Pelaksanaan Tugas Kepala Daerah/Wakil Kepala Daerah dalam Pemeliharaan Kerukunan Umat Beragama, Pemberdayaan Forum Kerukunan Umat Beragama, dan Pendirian Rumah Ibadat.
Forum Kerukunan Umat Beragama (FKUB) atas dasar amanat PBM Pasal 27 ayat (1) ditentukan batas waktu pembentukannya paling lambat 1 (satu) tahun sejak PBM ditetapkan. Namun hingga akhir tahun 2008, ternyata belum seluruh kabupaten/kota terbentuk FKUB. Dalam laporan Kementerian Dalam Negeri pada akhir tahun 2008 yang telah terbentuk 274 FKUB dari 440 kabupaten/kota seluruh Indonesia. Sementara dalam masyarakat muncul permasalahan di seputar kerukunan umat beragama yang memerlukan penanganan sesegera mungkin.
Sehubungan dengan latar belakang tersebut, maka dalam rangka memperingati 3 (tiga) tahun berlakunya PBM dinilai penting diungkapkan tentang upaya pemeliharaan kerukunan umat beragama yang telah dilakukan. Untuk itulah Puslitbang Kehidupan Keagamaan pada tahun 2009 menyelenggarakan lokakarya nasional dengan tema, “Penyusunan Pola Pemeliharaan Kerukunan Umat Beragama Melalui Peran Kelembagaan FKUB”.
Tujuan Lokakarya Nasional ini adalah : (1) Mengungkapkan pelaksanaan tugas dan fungsi FKUB dalam memelihara kerukunan umat beragama selama 3 (tiga) tahun pelaksanaan PBM (Pasal 9), (2) Mengetahui permasalahan yang dihadapi pengurus FKUB, (3) Merumuskan resolusi tindak lanjutnya, termasuk untuk menyusun draft naskah pola pemeliharaan kerukunan umat beragama sesuai eksistensi kelembagaan FKUB dalam PBM (Pasal 7, 8, 10, 11 dan 12).
Proses pelaksanaan Lokakarya Nasional terdiri dari dua tahap. Tahap pertama, kegiatan Pra Lokakarya yang mempersiapkan bahan pedoman pelaksanaan Lokakarya Nasional. Kegiatan ini diikuti oleh 18 peserta mewakili unsur : pimpinan majelis-majelis agama pusat, Ditjen Kesbangpol Kementerian Dalam Negeri, Pusat Kerukunan Umat Beragama, serta Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama. Tahap kedua, pelaksanaan Lokakarya Nasional, yang dibuka oleh Menteri Agama di Operation Room Kementerian Agama pada tanggal 20 Maret 2009, dilanjutkan dan ditutup oleh Kepala Badan Litbang dan Diklat pada tanggal 22 Maret 2009 di Hotel Mirah, Bogor Jawa Barat.
Pemakalah dalam subtansi kebijakan pemerintah dengan judul “Peran Pemuka Agama dalam Pemeliharaan Kerukunan Umat Beragama Melalui Peningkatan Kemandirian FKUB oleh Kepala Badan Litbang dan Diklat Kementeriaan Agama. Sedangkan dalam judul yang sama melalui penguatan kelembagaan FKUB oleh Dirjen Kesbangpol, Kementerian Dalam Negeri. Adapun pemakalah majelis-majelis agama enam naskah, yaitu dari MUI, PGI, KWI, PHDI, WALUBI, dan MATAKIN. Judul makalah ialah “Evaluasi Pelaksanaan PBM No 9 dan 8 Tahun 2006 dalam Peningkatan Kerukunan Umat Beragama di Lingkungan Komunitas Masing-masing Agama”. Pemakalah daerah sebanyak  6 (enam) orang  yang mewakili pengurus FKUB, yaitu: FKUB Provinsi DKI Jakarta, FKUB Provinsi Sulawesi Selatan, FKUB Kabupaten Sikka Provinsi Nusa Tenggara Timur, FKUB Kabupaten Poso Provinsi Sulawesi Tengah, FKUB Kabupaten Badung Provinsi Bali, dan FKUB Kota Manado Provinsi Sulawesi Utara. Pemaparan diakhiri dengan Sidang Komisi, yaitu Komisi Organisasi dan Tata Kerja FKUB, dan Komisi Resolusi.
Peserta Lokakarya berjumlah 140 orang, yang terdiri dari unsur : pimpinan majelis-majelis agama pusat, pengurus FKUB provinsi dan kabupaten/kota, pejabat eselon I, II dan III Kementerian Agama Pusat, Kepala Kanwil Kementerian Agama Provinsi, Kepala Kantor Kesbanglinmas, dan peneliti Badan Litbang dan Diklat.
Rumusan hasil Lokakarya Nasional terdiri dari dua bagian. Pertama,  Komisi A : Bidang Organisasi dan Tata Kerja FKUB. Kedua, Komisi B : Resolusi Tindak Lanjut Optimalisasi Peran FKUB. Butir rumusan hasilnya, sebagai berikut:

Bidang Organisasi dan Tata Kerja FKUB

1. Salah satu hasil Rakornas  Bandung berupa draft AD/ART perlu disempurnakan. Penyempurnaan draft AD/ART dengan memperhatikan draft pola hubungan kerja FKUB, pedoman kerja FKUB, hasil Kongres Pemuka Agama I Tahun 2006, hasil Kongres Pemuka Agama II Tahun 2008, dan hasil Lokakarya Nasional Evaluasi 3 Tahun PBM No. 9 dan 8 Tahun 2006 di Bogor pada tanggal 20-22 Maret 2009.
2. Untuk penyempurnaan draft AD/ART perlu dibentuk sebuah tim penyempurnaan. Penyempurnaan draft tersebut menyangkut: a. Pembagian tugas dan kewenangan ketua, wakil ketua, sekretaris, wakil sekretaris, bendahara, dan sekretariat FKUB; b. Penggunaan dan kepemilikan asset FKUB; c. Panduan FKUB dalam berdialog, menampung dan menyalurkan aspirasi masyarakat, serta memberikan rekomendasi.
3. Komisi ini meminta Kesbangpol Kementerian Dalam Negeri, Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama dan PKUB untuk mensosialisasikan draft AD/ART yang disempurnakan.
4. Tim Penyempurnaan tersebut terdiri dari: a.    Kementerian Agama (Badan Litbang dan Diklat, dan PKUB); b.    Kementerian Dalam Negeri (Ditjen Kesbangpol); c.    Majelis-majelis Agama (MUI, PGI, KWI, PHDI, WALUBI dan MATAKIN); d.    Perwakilan FKUB (Sumatera Selatan, DKI Jakarta, Kalimantan Barat, Sulawesi Utara, Nusa Tenggara Timur, Maluku, dan Papua Barat). Tim penyempurnaan yang mewakili masing-masing organisasi tersebut di atas mengikuti Rakornas di Bandung dan Lokakarya Nasional di Bogor.
5. Draft AD/ART yang telah disempurnakan, akan disahkan dalam Kongres FKUB pada tahun 2009 yang akan diselenggarakan oleh PKUB.

Bidang Resolusi
1.    Permasalahan yang masih dihadapi oleh sebagian besar Pengurus FKUB
a.     Peran sebagian Dewan Penasihat FKUB belum optimal
b.    Pelaksanaan dan kelanjutan sosialisasi FKUB belum optimal
c.     Sebagian besar FKUB di daerah belum memiliki tata organisasi dan tata kerja
d.    Sebagian FKUB belum mempunyai fasilitas dan pendanaan yang memadai
e.     Sebagian keanggotaan FKUB belum terpenuhi keterwakilan agama secara proporsional
f.     Peran kelembagaan FKUB di sebagian daerah belum optimal

2.    Resolusi sebagai Tindak Lanjut
Dewan Penasihat
a.   Mengaktifkan kinerja Dewan Penasihat FKUB melalui pertemuan berkala agar tidak terjadi kesenjangan persepsi kebijakan
b.   Optimalisasi Peran dan Fungsi Dewan Penasihat FKUB sebagaimana yang diamanatkan dalam Pasal 11 PBM No. 9 dan 8 Tahun 2006.
c.   Pimpinan dan anggota FKUB serta Dewan Penasihat FKUB melanjutkan kegiatan sosialisasi PBM baik secara internal maupun eksternal
d.   FKUB berkewajiban menyusun dan melaksanakan pedoman tata organisasi dan tata kerja untuk dijadikan acuan pelaksanaan tugas
e.   FKUB menyusun program kerja dan rancangan anggaran belanja tahunan untuk difasilitasi oleh pemerintah daerah
f.    Keanggotaan FKUB harus mencerminkan keterwakilan semua komunitas agama sesuai Pasal 10 PBM No. 9 dan 8 tahun 2006
g.   Peran Kelembagaan
1)    Dalam rangka penguatan peran FKUB, Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri perlu secara terus menerus melakukan evaluasi terhadap laporan pelaksanaan kegiatan FKUB setiap enam bulan sekali
2)    Peningkatan koordinasi kegiatan Badan Litbang dan Diklat, PKUB, dan Ditjen Kesbangpol terkait dengan penguatan peran FKUB