Dengan melakukan fact finding, maka penelitian dapat mengungkapkan lebih dalam  terkait substansi mengapa sebuah kasus rumah ibadat dapat terjadi. Lebih lanjut Kepala Badan menjelaskan bahwa penelitian ini memiliki urgensi dan relevansi dengan tugas dan fungsi Litbang, yang selaras dengan salah satu misi kementerian Agama yaitu meningkatkan kualitas kerukunan umat beragama.

Kepala Badan menambahkan  bahwa sejumlah kasus rumah ibadat terjadi karena sebagian masyarakat belum dapat membedakan antara hak beribadat dan hak mendirikan rumah ibadat. “Kebebasan beribadat tidaklah sama dengan kebebasan mendirikan rumah ibadat”, ujar Abdul Djamil, karena bangunan rumah ibadat berada dalam suatu tanah dan lingkungan sosial sehingga akan timbul interaksi sosial, yang membutuhkan regulasi dalam rangka mencapai titik temu semua kepentingan. Disinilah penting bagi para peneliti untuk memperhatikan kerangka implementasi regulasi tersebut - PBM No. 9 dan 8 Tahun 2006 - dalam upaya pemeliharaan kerukunan umat beragama.