Berdasarkan Penilaian Inisiatif Anti Korupsi (PIAK) oleh KPK, Kementerian Agama memiliki poin 4.54 (2010) dan 5.44 (2011). Nilai PIAK Kementerian Agama tersebut masih dibawah nilai minimal KPK (6.00). Namun demikian dari hasil PIAK 2011 juga diketahui bahwa Kemenag mempunyai nilai PIAK yang cukup tinggi untuk beberapa indikator tertentu, misalnya akses publik dalam memperoleh informasi, serta kegiatan promosi anti korupsi.

Atas fakta empirik tersebut Puslitbang Kehidupan Keagamaan tahun anggaran 2012 melakukan penelitian dengan mengukur seberapa besar efektivitas pengawasan yang dilakukan oleh Inspektorat Jenderal Kementerian Agama (auditor) berpengaruh terhadap peningkatan kinerja aparatur Kementerian Agama (auditi). Secara teoritis pengawasan fungsional bukanlah satu-satunya faktor yang diasumsikan mempengaruhi kinerja aparatur Kementerian Agama sehingga penelitian ini juga melibatkan faktor  budaya organisasi, kepemimpinan serta faktor motivasi kerja karyawan sebagai bentuk pelengkap eksplorasi dari faktor-faktor yang mempengaruhi peningkatan kinerja aparatur Kementerian Agama.

1. Tujuan Penelitian:
a. Mengetahui sejauh mana kinerja Inspektorat dalam melakukan pengawasan serta dampaknya kinerja unit teknis Kementerian Agama.
b. Menghasilkan poin-poin yang bisa digunakan untuk merumuskan model pengawasan yang lebih efektif dalam meningkatkan kinerja.
c. Mengembangkan  integritas dan kinerja pelaksana pengawasan

2. Metodologi
a. Desain sampling adalah purposive dengan jumlah sampel 695 responden di 17 Provinsi ditambah Kantor Pusat dengan pemilihan provinsi berdasarkan data Itjen tahun 2010-2011, yakni Satker yang pada tahun 2010-2011 dikunjungi Itjen
b. Masing-masing provinsi diambil 35 responden  dari bagian keuangan dan BMN dari berbagai Satker yang ada
c. Skala pengukuran dalam kuesioner adalah Likert (1 - 5).
d. Analisis Statistik adalah statistik Deskriptif dan Inferensial (Analisis Jalur)

3. Temuan Penelitian
a. Secara keseluruhan indeks profesionalime auditor mencapai 75,90 (dalam skala 100) yaitu mempunyai rentang kualitas “baik”. Pegawai keuangan/BMN memberikan persepsi baik terhadap apa yang telah dilakukan auditor dalam proses audit, pendampingan dan pembinaan. Kinerja  kinerja auditor secara keseluruhan sebesar 77,34  dengan kualitas “baik”. Indeks kepemimpinan dinilai paling positif diantara variabel penelitian lainnya yang mencapai skor 78,78. Budaya organisasi tempat dimana pegawai bekerja juga dinilai baik oleh pegawai, yakni  74,61.  Indeks motivasi pegawai  berada dalam rentang kualitas baik yaitu 71,80 meskipun mempunyai skor yang paling rendah dibandingkan variabel lainnya. Sedangkan indeks kinerja pegawai sendiri dinilai berada dalam rentang kualitas baik yang mencapai 76,91.
b. Secara keseluruhan, ke empat variabel, yakni Pengawasan, Budaya Organisasi, Kepemimpinan dan Motivasi berpengaruh terhadap Kinerja Pegawai Keuangan/BMN sebesar 50,6%. Artinya masih ada sebesar 49,4% variabel lain yang memiliki pengaruh terhadap kinerja.
c. Secara langsung, pengawasan fungsional berpengaruh terhadap kinerja sebesar 10,5%, budaya kerja 28,2%, kepemimpinan 10,6%, sedang motivasi tidak berpengaruh terhadap kinerja pegawai keuangan/BMN.
d. Ada beberapa hal yang menyebabkan motivasi tidak berpengaruh terhadap kinerja, yakni karena tidak adanya kepastian karier, anggapan rendahnya pendapatan, dan rendahnya pujian (reward) yang diberikan pimpinan terhadap karyawan.

4. Rekomendasi
a. Diperlukan peningkatan pengetahuan auditor terkait pengawasan pendampingan melalui penyamaan persepsi terhadap aturan dan perundangan serta peningkatan kompetensi penggunaan software keuangan/BMN
b. Auditor sebaiknya mempersiapkan dengan matang rancangan pengawasan sebelum pengawasan dan pendampingan
c. Untuk lebih meningkatan profesionalisme auditor, maka perlu upaya peningkatan dalam beberapa hal yaitu: (a) pengetahuan auditor, (b) independensi auditor, (c) audit yang sistematis/terstruktur, serta (d) bersikap objektif dalam memberikan penilaian, karena berdasarkan hasil penelitian 4 hal tersebut berada dibawah rata-rata skor secara keseluruhan. Skor tingkat pengetahuan auditor (73,8), independen (74,5), sistematis/terstruktur dalam audit (72,9) serta objektif dalam memberikan penilaian atau keputusan (74,6).
d. Upaya peningkatan kerja karyawan keuangan/ BMN perlu terus ditingkatkan terutama terkait beberapa hal yaitu: (a) kreativitas pegawai, (b) kuantittas kerja, (c) kepribadian, dan (d) kualitas kerja, karena berdasarkan hasil penelitian 4 hal tersebut berada dibawah rata-rata skor secara keseluruhan, yakni untuk kreativitas pegawai (75,6), kuantittas kerja (75,2), kepribadian (75,7), dan Kualitas kerja (76,6).
e. Ada dua hal yang perlu mendapat perhatian dari budaya organisasi  yaitu orientasi pada SDM dan orientasi tim, karena berdasarkan hasil penelitian 2 hal tersebut berada dibawah rata-rata skor secara keseluruhan. Untuk orientasi pada SDM (69.0) dan orientasi tim (71.9).
f. Ada satu hal yang perlu mendapat perhatian dari aspek kepemimpinan yaitu adanya sanksi/hukuman bagi karyawan yang kurang dapat menjalankan tugas dan fungsinya secara baik, aspek ini berada dibawah rata-rata skor secara keseluruhan, yakni pada skala 69
g. Perlu upaya yang lebih sitematis dan efektif untuk meningkatkan motivasi karyawan keuangan dan BMN, dari hasil penelitian ada 3 hal yang dianggap kurang memberikan motivasi bagi karyawan yaitu tidak adanya kepastian karier, pendapatan yang kurang memadai, dan kurangnya perhatian  pimpinan terhadap karyawan.
h. Diperlukan rekayasa model pengawasan, yang mampu mendorong munculnya budaya organisasi yang kondusif serta kepemimpinan yang dapat memotivasi kinerja pegawai. Model pengawasan seperti itu pengaruh kuat bagi peningkatan kinerja karyawan di masa yang akan datang dibandingkan pengawasan dan pendampingan yang dilakukan secara langsung terhadap pegawai keuangan/BMN. Secara statistik pengawasan yang mendorong budaya organisasi dan kepemimpinan memiliki pengaruh 27,8% terhadap kinerja.